Joan Margarit ha sido galardonado con el Premio XXVIII Reina Sofía de Poesía Iberoamericana y se ha convertido en el segundo catalán en conseguir este galardón. En el ámbito de su comunidad autónoma ha recibido los premios más prestigiosos: el Miquel de Palol y Vicent Andrés Estrellés en 1982, la Flor Natural en los Jocs Florals de Barcelona en 1983 y 1985, el Carles Riba en 1985, el Premio de la Crítica Serra d’Or en 1982, 1987 y 2007, el Quima Jaume de Cadaqués en 2007, el Cavall Verd y el Premio Nacional de Literatura de la Generalitat de Catalunya, ambos en 2008. A nivel español le fueron concedidos el Premio Nacional de Poesía y el Rosalía de Castro, también en 2008. Tugs in the Fog, primera y vasta antología suya publicada en lengua inglesa, ganó el Poetry Book Society Recommended Translation en 2007. En junio de 2017 fue galardonado con el Premio Iberoamericano de Poesía Pablo Neruda.